冯异率军西出，刚刚到达了弘农，便有当地的十数股小匪，闻风前来归顺，冯异顺利地进入了函谷关，然后他进抵了关中的门户华阴县。
冯异在华阴县与赤眉军遭遇，双方鏖战了两月有余，终于打败了那一股赤眉军，收降了两千多人。西部的战况开始慢慢地好转了。
公元27年，刘秀任命冯异为征西大将军，统一指挥汉军各部，邓禹、邓弘引军东撤，与冯异合兵了一处。
邓禹建议再次进攻赤眉军，但冯异没有同意。他认为，目前去攻击赤眉军，虽然屡有胜负，但赤眉军兵力甚众，难以速战速决。现在陛下在渑池屯兵，已经阻挡了赤眉军的退路。我们从西边，把赤眉军向东驱赶，然后在渑池的地方两面夹击，这样才会万无一失。
但是邓禹已经很多次战败了，他一心要雪旧耻，他自以为是刘秀的亲信，便命令邓弘进行攻击。
邓弘与赤眉军激战了多日，赤眉军佯装败退，一路上抛下了许多辎重车，邓弘的军队，已经很多天没有吃饱饭了，都什么也不顾了，上去就开始抢，但这是赤眉军的圈套，赤眉军开始大肆反击了，邓弘的部队大乱，邓禹和冯异带兵冲往前去救援，方才逼退了赤眉军。
冯异提出师老兵疲，应当暂避以休养生息，但是邓禹还是不听，再次出击赤眉军，又被赤眉军打得大败，军队死伤惨重，邓禹只带着二十四名骑兵突围向东逃去。一直逃到了宜阳。他自己觉得实在无脸交差了，便派人向刘秀递交了大司徒和梁侯的印绶。但刘秀把他召回了洛阳，并安抚了他一番，并归还了梁侯的印绶。
冯异的军队也给打散了，他弃马登上了高坡，缓缓地回到了大营，他花费了不少的时日，收拢着自己的那些散兵，他渐渐地又聚起了数万之众。
冯异花了数月的时间，休整着自己的队伍，他在等待着时机的成熟。
数月后，冯异看到赤眉军慢慢地聚集了起来。他看到时机似乎成熟了，于是，他向赤眉军发出了战书。
赤眉军已经集结了有三十万之众了，樊崇见冯异来下的战书，便哈哈大笑了起来。在约定的日期，两军在崤山的西面，各自摆开了阵势，便开始接战了。
冯异早已安排了两队伏兵，埋伏在战场后面的两侧，并且已经换上了赤眉军的服装。
两军接战后，樊崇见汉军没有多少人，便发起了总攻，冯异接战后，稳稳地且战且退。双方激战到了午后，大家都人困马乏的时候，几声号角响起，两旁的伏兵一齐冲了出来，喊杀声震天，赤眉军搞不清楚敌我，立刻便阵脚大乱了，便往后溃退了，冯异率军紧追不舍，在崤山大破了赤眉军，单擒获的赤眉军，就有八万人之多。赤眉军的余部，继续向东逃窜。
刘秀亲率了大军，在渑池和宜阳之间摆开了阵势。如丧家之犬的赤眉军，劈面撞到了刘秀的大军，他们只看见旌旗猎猎、衣甲鲜明，骁骑营和武卫营分列在了左右，而大司马吴汉，则领兵在前，已准备接战了。
赤眉军震惊无比，他们连忙转头往回逃去，但冯异的追兵，却已经蜂拥而至，赤眉军战不敢战、逃无可逃，终于都缴械投降了。
刘盆子带着二十多名赤眉军的将领，捧着传国玉玺，奉着更始帝的七尺青锋，全部都赤裸着上身，去到了阵前请降。赤眉军上缴的兵器盔甲，堆得像熊耳山一样高。
刘秀先让他们饱餐了一顿，然后亲自前去查看，他笑着问刘盆子，“你自知死罪吗？”
“臣罪该万死，但庆幸陛下赦免了我。”刘盆子小心翼翼地回答。
“你这个小子真滑头，我答应过赦免你了吗？看来我们刘家果然没有傻子啊！”刘秀高兴地说。
刘秀又转身问那二十几个赤眉军的将领：“你们是真心投降的吗？真的不会反悔的吗？”
赤眉军的丞相徐宣从容地回答：“我等君臣刚出长安东门，就已经在商议要归降圣主了。这样，百姓们就可以坐享其成了，因为不可以同百姓商量国事，所以我们没有说出来，我们今天回朝廷请降，就可以脱离苦海了，可以解脱了，我们归依了慈母，我们只有欢欣鼓舞，我们绝不会反悔的。”
“那你们呢？”刘秀又问向了那些将领：“你们如果不服，完全可以拿走这些兵器和甲仗。”刘秀指了指那堆得像山一样的甲仗：“你们可以整兵再战。”
赤眉军众将领匍匐在地，齐声说：“不敢！我们绝不反悔。”
刘秀收降了赤眉军的十几万的降军，他把刘盆子放在了赵王刘良的部下任郎中，又赐了他荥阳的地产，让他坐食租税。其他的赤眉军的将领，也都得到了赦免，刘秀把他们安置在洛阳居住，每人赐宅一座，赐田两顷。几个月后，樊崇等人不安于田主的现状，他们又密谋反叛。打算召集旧部东山再起。但没能逃过徐福的这双，三百多岁的眼睛。他们都被刘秀击杀了。从此以后，起自新莽天凤五年，纵横山东十余年的赤眉军，便退出了政治舞台了。
关中的赤眉军虽然被消灭了，但关中的匪患仍然很是严重，以延岑为最大一股的悍匪，各自据守着一座座的城池，都自封为将军的至少有十数股。多的有数万人的军队，少的也有数千个人。他们互相之间，都经常发生着混战。
冯异且战且往前行进，他进入了长安，屯兵在上林苑。他打算以上林苑为基地，一来利用它的较为复杂的地形，二来上林苑山林物产非常丰富。可以在困难的时候补充军用物资的需求。但他不急于迅速地结束西面的战事，他要建立一个后方的基地。
果不出冯异之所料，延岑自封为武安王，他纠集了其他的数股的匪军，对冯异进行了大举的进攻，但被早已有准备的冯异所击败。延岑逃到了析县，被邓晔和于匡又击败了，他又窜入了南阳郡，继续与建武朝进行作对。
但是冯异的处境也极为艰难，他的粮草始终不济，士兵们经常采集上林苑中的野果野菜进行充饥。刘秀便任命了扶风太守，带着兵马和粮草，前往上林苑帮助冯异。冯异终于站住了脚跟，他再接再厉、步步为营，不从者攻灭，归降者有赏，逐步地遣散了叛军，让他们各归了本业。从此，冯异的汉军威震了关中，从此以后，有少量的叛军南下，投靠了公孙述以外，关中的全部土地，都也被建武所光复了。