虽然刘秀治国有方，但他的手下大臣，都是来自于五湖四海的，各人有各人的心，各人有各人的经，各人有各人的不满，各人有各人的不足。
首先作乱的是彭宠，彭宠和吴汉一起从的龙，但他心高气傲、桀骜不驯。当时刘秀重整旗鼓，北上追击铜马农民军的时候，彭宠前来拜见。他自恃有功、趾高气昂。当时刘秀军务很是繁忙，在礼节上可能有不周到的地方，彭宠就不高兴了，酒也不喝、饭也不吃，便一走了之了。
之后，吴汉又袭杀了前幽州牧苗曾，幽州牧的职位空缺，因为朱浮是刘秀叔父刘良的故旧，因此刘秀便任命了朱浮为幽州牧。
彭宠返回渔阳后越想越气，吴汉、王梁原本都是他手下的人，都得到了重用，都被位列三公了，而自己还是原来的职位，心里很是没有滋味，他暗自磋叹：“我的功劳应当封王，难道陛下忘了我吗？”
朱浮到了幽州牧的任上后，为了求治心切，他遍访了州里的名士大儒、旧官故吏，一、一揽入了幕府，并支出了钱粮，以供养他们的家人，但彭宠拒不执行朱浮的命令，朱浮知道了大怒，发了一个文，把彭宠怒斥了一番，文书措辞严厉，彭宠看完了气得大怒，把文书撕了个粉碎。
朱浮又上书告了彭宠的状，说他贪污受贿、杀伤人命、囤积粮草、图谋不轨。这个上书，发了一个又是一个。刘秀也渐渐地心生了嫌疑。于是便下诏让彭宠来洛阳述职。
彭宠与吴汉、王梁大吐苦水，并要求同朱浮一起上京，在朝廷上公然对质，但刘秀坚决地驳回了彭宠的请求。
于是，彭宠与家人和部众商议了之后，便开始造反了。他发兵围攻了朱浮。刘秀急忙派在洛阳做人质的彭宠的堂弟彭子后前往说合，但彭子后却被留在了渔阳。
朱浮兵微将寡，又不是当地人，他急忙派出使者，向洛阳告急。他要求刘秀亲自带兵前来平叛，但刘秀只派了一个游击将军邓隆带兵前往。
虽然邓隆上书说，他不日便可以取胜，但刘秀看了上书，就拍案而起：“邓隆必败无疑！”
果不出这双三百多年的老眼所料，邓隆与彭宠接战，随即大败，朱浮眼睁睁地看着老友覆亡，但无能为力。于是，彭宠便在渔阳，一直割据了有四年多。
紧接着刘扬又出事了。当年，他以结亲为条件，加入了刘秀的阵营，他在婚宴上击筑高歌：“上邪！我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭；冬雷震震；夏雨雪；天地合，乃敢与君绝。”但这场政治婚姻，刘秀本来就是绝不情愿的，他的高歌，只是引起了刘秀的不舒服。
刘扬本来是想有回报的，但刘秀并没有增加他的封地，也或许是刘秀戒马倥偬，没时间管这个事，但是对别人重不重视，这也是别人能看到的。
更让刘扬有想法的是，郭圣通所生的刘强都快一岁了，但皇后和太子，都却迟迟未立，这更加使刘扬想到了，刘秀没有拿他当一回事。因此，他便同自己的几个兄弟商量着，准备重新起事独干了。
刘扬不比彭宠，只是渔阳的一块小小的地方。而刘扬的能量，在河北也是影响巨大的。刘秀决定先镇压、后安抚。他选中了耿纯。因为耿纯是河北的望族，不至于会引起太大的戒心。而且曾经一把火烧了自家的庄园，有一股子狠劲。
耿纯假装持节巡视河北各州郡。他到达真定以后，在驿站中召唤刘扬前来。刘扬称病不愿意前往，却要叫耿纯前去见他，但耿纯答复他说：“我奉圣命召见王侯，按君臣大礼，您还是亲自过来吧？”
刘扬没法反驳，又想着自己拥兵数万，那耿纯只不过是随从百人而已，料他也不敢把自己怎么样。他便让他的兄弟，带领着一支部队，团团地围住了驿站，然后进去拜见耿纯。
耿纯先是和颜悦色地礼敬了一番，让刘扬完全地放松了警惕。于是，耿纯便又邀请刘扬的那几个弟兄，一起进来参加欢宴，刘扬也照办了。谁知刘扬的弟兄们进来了，耿纯便伏兵齐出，把刘扬和他的弟兄们都斩了首，然后提着他们的首级，走出了门外宣布了罪状，竟然没有一个人敢动。于是耿纯便返回洛阳复命了。
当时刘秀的朝廷，河北帮是最主要的帮派，耿纯知道自己已经难以在朝廷立足了，便主动要求去担任一郡的太守，刘秀便任命他为东郡的太守。
耿纯到任后，一面调兵遣将平定周边，一面抑强抚弱发展生产，不久之后，郡内便得到了大治。
刘秀虽然一举以斩杀的行为平定了真定的叛乱。但他深知河北的皇族是不好惹的，他在百思迁解以后，又在同蝉儿商议了之后，便在当年的六月，正式册封郭圣通为皇后，立刘强为太子。这也算是给河北的皇族，有了一个良好的交待，以阻止河北皇族的进一步叛乱的行为。
刘秀所进入的都城洛阳，当时还是一座孤城，南面的南阳和颍川两郡，都还在更始朝的手中，对洛阳的稳定，随时起着威胁的作用。于是，刘秀决定，南下攻取南阳和颍川两郡。
刘秀命贾复去攻打颍川郾城，而命令吴汉与坚谭、万修去攻打南阳。
吴汉率领着汉军，连克了宛城、涅阳、郦县、襄城、新野等地。又在新野以南击败了南郡的秦丰一部。可谓是节节胜利，但他纵容部下抢掠乡民，搞得民怨沸腾，对新野的破坏尤为严重。正好刘秀的手下破虏将军邓奉回乡探亲，见到这种情况不由得怒火万丈；“你们这些河北汉，竟然欺负到老子的头上来了。”他便聚起了宗族乡民，对吴汉进行了反攻，他们尽获了吴汉的粮草辎重，屯聚在了淯阳。
吴汉被迫退了兵，万修也病死在了军中，坚谭困守着宛城，鄧奉便趁机攻城略地，控制了南阳郡的大部分的地区。
因为刘秀不得不倚重河北集团，而南阳集团与河北集团又矛盾重重。邓奉便一不做二不休了。他干脆联合了延岑、董欣、秦丰等势力互相通气，震惊了整个朝野。
这刘秀真的是气到极点了，好不容易有这样的大好局面，你们倒自己在自己的家里火拼了。虽然吴汉先错，但邓奉以错对错、错上加错。于是十一月，刘秀便派征南大将军岑彭，率领着朱祜、贾复、耿弇、王常等将领，率领着大军，去讨伐邓奉去了。
岑彭猛攻着堵乡，因为这里是南阳的门户，因此邓奉和董欣合兵一处，进行了激烈的对抗，双方连连相斗了数月，但仍是难以分出胜负。
在邓奉事件发生的同时，贾复与阴识、刘植率军攻克了颍川后，转兵锋于汝南，刘秀便改任了冠恂为颍川太守署观着郡务。贾复的部将在颍川杀了人，冠恂执法如山，将那个部将在市场上斩首示众了。
这战争的时期，往往法纪都没有这么严的，往往都没有这么认真的，再加上两大集团本来就矛盾重重，贾复便发出了狠话：“我跟冠恂官职并列，现在被他羞辱，此仇不报非君子，我一定要亲手杀了冠恂。”
但冠恂是个很明白的人，他故意躲着贾复、冠恂的手下不满了，要求带剑护卫冠恂，以防遭到贾复的伤害，但是，冠恂却说：“当年蔺相如不怕秦始皇，却躲着廉颇，是为了国家的安定，我怎么能连古人也不如呢？”他还下令各县沿途欢迎贾复，自己却称病不露面，贾复还是余怒未消，喝了酒吃了肉，还要找冠恂算账，但他的将士们都喝醉了，他也只得作罢了。
刘秀亲自给冠恂和贾复进行了调停。他先劝贾复：“君文啊！你我同乡，从小就认识，我们都是从小读诗书的人，我让你做破虏将军，做执金吾大将，这都是我以前做过的呀，我就是待你像自己一样啊！现在大敌当前，一定不可以意气用事啊？再怎么说，冠恂也是秉公办事啊！”
刘秀又同时叫来了冠恂，冠恂一进殿，见贾复已经在座了，就转身准备离开，但刘秀叫住了他，对他们说：“如今天下未定，你们两虎相斗必有一伤，朕既不能少了你，也不能少了他，因此朕特来和解。”
贾复同冠恂都是读书人，也都是通情达理的，皇上出来劝解，还有不服的吗？于是这最大的一件内乱的事情，终于给刘秀解决了。
刘秀派邓隆前去征讨彭宠，却被彭宠杀了一个片甲不留，岑彭于是带兵包围了蓟县，蓟县被岑彭包围了一年多，城中的粮食都早已吃净，紧接着天上的麻雀，地上的老鼠也都被吃光了，许多家人家便易子而食。每家人家死了人，都不敢哭，因为一哭，邻居便会知道，那死的人就会被邻居吃了。据说二十年后，有一名守卫蓟县城的老卒，退休后赋闲在家，那一天正从茶馆里出来。突然有一个三十来岁的青年，在大街上拦住了他，并在他的面前点着了香和烛。街上的众人不明所以，围了一个水泄不通。那个三十来岁的人，跪在了那个守城的老卒的跟前，不往地磕起了头来。那个老卒把他拉了起来，问他为何原因，谁知那个青年说了一番话，把围着的众人，直笑得牙齿都掉满了一街。
那个青年说：“二十年前，我躲在房间里，亲眼看见你吃了我的爹，我不敢声张，怕你连我也吃了，今天是清明节，按理我要祭扫祖坟，但我的父亲在你的肚子里，所以你的肚子就是我的祖坟了，那我不这样祭，你能叫我怎么祭呢？”
这可见当年蓟县被围的惨烈的情景了。
朱浮在最后的时刻，杀了自己的妻子，正准备自杀的时候，下属来报说耿况来救，他在耿况的帮助下，才单骑逃回了洛阳。
刘秀的亲人没有几个了，刘良是他的亲叔父，又是从小养育他长大的，而朱浮是刘良的故旧，按律朱浮乱治幽州，逼反了彭宠，劳动王师多次远征，又不敢以死明志，但又怎么样呢？刘秀任命他为执金吾大将，负责京师的治安了。
彭宠也没有好的下场，他总觉得火炉下面有蛤蟆叫，但扒开寻找却什么都没有，他去算了命，算命的说这是内乱的征兆，他想了又想，觉得最有可能是自己的堂弟彭子后，于是就让他出外带兵，无事不得入见。
彭子后受到了彭宠的猜疑，决定先下手为强，他暗中买通了彭宠的三个家臣杀了彭宠，拿了彭宠的脑袋去了洛阳，拖了四年之久的彭宠的渔阳之乱，终于被划上了句号。