卡卡西之前沟通了十二正经十二处重要穴位：上肢处，左右肩井两处大穴、左右合谷两处大穴、命门穴、关元穴；下肢处，左右足三里两处大穴、左右委中穴两处大穴、左右涌泉两处大穴。
1.肩井，肩部的最高处，此穴位是勾连查克拉海与忍者结印的重要纽带。
卡卡西，肩井无损情况下，第一天仅用一个多时辰，就让未受波及左臂经脉重新贯通！
2.合谷，人体四总穴之一，手背虎口位置。千鸟流可以自如在手中释放，与此穴密不可分。
卡卡西，前后用了三天的时间。一方面，卡卡西在肩井穴微量制造千鸟流查克拉，这时候千鸟查克拉就会响应原本的运行路线，感应合谷穴所在而漫流，开辟出新的、不稳固经脉；另一方面，普通查克拉随后一点点渗透开辟的经脉，这一过程每进行到半个时辰便会停止，恢复查克拉、恢复精神力。
以卡卡西的精神意志程度，每进行这么一次，都会无力瘫倒在病床数个时辰：最开始，要三个时辰以上；到后来，一个时辰左右的怀疑人生。
痛苦，无疑是千鸟流查克拉响应穴位之间感应，在本已枯竭、或者坏死的经脉中开辟一条新的通道出来。那滋味，卡卡西可以很明确的说，生不如死！但就是在这个时候，卡卡西不可以选择去死、更不能让自己被击垮，他还需要制造源源不断的普通查克拉跟上千鸟流查克拉的脚步，将千鸟流这一次微量冲击所开辟的经脉通道：去巩固，防止退后；去滋养，防止萎缩！
3.命门，第二腰椎与第三腰椎棘突之间。与三焦玄关互为表里，命门为表、三焦为里。忍者只要有足够的精神能量、肉体能量，制造源源不断查克拉，查克拉便会通过命门流遍全身。
卡卡西目前只涉及到命门的程度，三焦根本无从下手，人体一切元气聚集于此处温煦五脏六腑、滋养生机。
4.关元，脐中下三寸，乃元阳出入的地方。
卡卡西十二经脉十二穴道中，最隐蔽、也是最阴险的一个穴道位置。因为关元穴就在查克拉气海之下，故而，它也是卡卡西千鸟流最快释放的穴位。若敌人只关注卡卡西的手脚，绝对会吃一个大亏。
5.足三里，人体四总穴之一，外膝眼下量三寸位置。
卡卡西，微量千鸟流查克拉自关元而发，与足三里自发产生感应。因为有了右臂经脉经验，这一过程只比第一天打通左臂稍稍耗时。左腿足三里穴位、右腿足三里穴位，一共只是两日出头而已。
6.委中穴，人体四总穴之一，膝盖背后正中心位置。
卡卡西，微量千鸟流查克拉自命门而发，与委中穴自发产生感应。过程，难以想象的惨烈。卡卡西伤势最重，莫过于整个身后，众多经脉都消融与血肉之中，不复存在。如果说之前数天的时光，卡卡西是在重新打通那些个枯竭、坏死的经脉通道，那么之后的接近九日时间，卡卡西根本是在从没有经脉的血肉中生生开辟出一条崭新经脉出来！
对于迈特凯，对于三代猿飞日斩，仅仅是说的轻巧而已。迈特凯日后或许会体会这种极致的痛苦，因为他的八门遁甲开到后三门也是非人的极限；而三代猿飞日斩，作为忍界的教授，他从一开始就知道卡卡西的情况，他也明悟卡卡西重新成为忍者的艰难程度：如果这样都可以重新站起，那么日后自己让出火影的位置，又有何未尝不可！
第一次尝试，是卡卡西在忍界的第一声、也是最后一次的凄厉：“啊！！！”
闻讯赶来木叶医疗忍者、护士，面对的只是卡卡西大汗淋漓下冰冷无比的眸子，以及直抵心口所在的千鸟流长刃：“关门，谢谢！”
没有任何的一丝的花里花哨，卡卡西固然清晰地记着十二正经运行的全部基础路线、固然命门穴与委中穴千鸟流查克拉有所感应。但这一次，再不会有残存的经脉、破损的经脉作为依托。
卡卡西必须要将千鸟查克拉当作普通的查克拉一般操控，一点点从血肉中开辟查克拉经脉出来。当卡卡西一次性千鸟流查克拉无以为继的时候，再以普通查克拉将千鸟流查克拉所开辟经脉牢牢占据。
查克拉，真是一种神奇的物质，虽然普通查克拉远远不及医疗查克拉那么的治疗显著，但长时间的普通查克拉保持供应还是起到了应有的效果。普通查克拉被开辟经脉就近的吸收，被千鸟流查克拉创伤的细胞得到了最好的恢复。查克拉自人体细胞提取而来，当查克拉重归受损的细胞之后，细胞的生命性得到补充。
一天时间，卡卡西只做两次的尝试：命门穴至左腿的委中穴、命门穴至右腿的委中穴。一次尝试，查克拉长达一天的温阳。
卡卡西的恢复，完全是自己一个人在进行。医疗忍者？对不起，卡卡西暂时没有这个打算。医疗查克拉的存在固然会减轻一定的痛苦，但这并不是卡卡西所需要的；医疗查克拉的存在固然会加快经脉的愈合，但这同样不是卡卡西所需要的。
对于前者，这种深入骨髓的极致痛苦是磨练精神、纯粹灵魂的不二法门；而对于后者，查克拉是精神能量、肉体能量的产物，带有一个忍者最主观、最直接的意志。卡卡西不会让自己新生的经脉习惯于医疗查克拉的存在：忍界，别以为医疗忍者就不会杀人。对于那些隐藏在暗中的深深敌意，卡卡西能靠的从来只是自己一人而已。
作为拥有着这样危险思想的男人，卡卡西查克拉的排它性未来必将前所未有的激烈：每日的千鸟流查克拉贯通经脉，每日的普通查克拉保持经脉，每天都可以感受到全新经脉的开辟、每天都可以精神力量的增强，卡卡西度过了一段最具有特殊意义的日子！
这是一场华丽到极点的蜕变，当卡卡西品味了这世界的最强物理痛苦时候，他终于是有了精神与肉体合二为一、二者产生最密不可分的联系。一旦彻底笑话此次的收获，战斗神经必将更上一个台阶。
入院后第十日，卡卡西命门穴自两腿委中穴经脉得到贯通；
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入院后十三日，卡卡西命门穴自两腿委中穴经脉得到稳定；
入院后十四日，卡卡西千鸟流查克拉自委中穴而发，与两脚脚心的涌泉穴发生感应；
入院后十五日，卡卡西委中穴自两脚涌泉穴经脉得到贯通；
在雷遁雷分身的搀扶下，第十六日清晨木叶的临时医院，没有了旗木卡卡西的身影。这是卡卡西九尾之夜后，第一次靠自己的力量重新站起！