在法律交锋的背后，双方仍旧在积极寻求和解的契机。
早在开庭前，南监理会董事会开会一致认为：不愿据律过于吹求，宁可舍弃地产权利，我们毕竟是在他人地盘，惹起湖民之恶感，对我也不利，再者，拖得时间越久，对我损失也越大”。这也奠定了日后和解的契机。
在庭前聆讯中，原告刘安江表示：不是揪住不放，可以达成一个适当的协议，以平息湖州人民日渐累积的怒火，毕竟教会医院该当地人们带来益处，走法律程序，毕竟会两败俱伤，何必？只是教会个别人把自己的利益看得太重而已。
其实从许鼎霖与潘慎文议定合同起，到蓝华德合同签订时，教会内一直有着和解的声音，唯一不能绕过的，只是湖州购地的当事人韩明德等。
休庭后，被告方即提出愿意和解结案。经过数日艰难的谈判，双方终于达成和解协议，由林文德当庭宣读，双方也希望法庭将该协议以判决书的形式发布。
协议规定：在蓝华德合同划界基础上，湖绅需将东面围墙附近的一块地划还给教会，此外基本依照蓝华德合同所定界限转还土地，但需将地契交转交士绅而非官府；公地因无地契，可免还地契；教会应当在判决五个月之内将应归还土地上的建筑物拆除，由湖绅再额外支付1500元，作为赎回土地和教会拆除医院、修整土地之费用；此外，士绅还承诺，愿意在土地转换、盖印等事务上帮助教会。
林文德指出：这一协议，事实上与被告不久前所抵制的蓝华德合同差异不大，因此关键并不在于还地亩数的多寡和退还金额的高低，而是关乎于教会的声誉。
在韩明德看来：蓝华德合同只是成全了蓝、柏二人的好名声，但却损害了教会的声誉。
协议书之首段阐述了湖州教案的来龙去脉，着重解释教会在此过程中并非恶意侵占，而是基于合法程序获得的土地，只是不了解该土地属于孔庙庙产的情形。
协议也未再详细追究占地亩数和谁是谁非的问题，民教双方总算是达成了和解与共识，为这桩长达6年之久的争执画上了句号。10月30日，法官再次开庭，将和解协议以判决书的形式正式发布，就此定谳。
在湖州绅民的强烈要求下，浙江巡抚增韫奏请朝廷，将涉案之官员原归安县知县朱懋清、丁燮和归安县典使史悠斌、千总柳寿春四人革职惩处。
经沈家本奏请，湖案有功之士绅刘安江等亦受到奖叙。湖案的审判对时人影响甚大，京沪粤各大报纸持续关注，不时发布相关消息。上海审判之日，又有数百名中国教徒出席旁听。及至双方议结，教会还地拆屋，对教民的震撼尤其强烈，有人哗然曰：“自有教案以来未有如此奇辱者”。
林文德当场讥讽道：中国人于百年荒地平时绝不顾问，外人偶一经营，则群起而争之。而得之复漠然听其荒芜，比比然也。
刘安江闻之，神色变得严肃而不愉快。他道：如此之言，我听了实在难受。堂堂的一个大中国，岂能让外国人看笑话？我乃在这一地非建一建筑不可，扬我民族之志气。他决心在争取回来的土地上重建“尊经阁”，为此积极奔走筹款。
湖州士绅沈耀勋得知，对刘安江道：刘大人之举，乃扬我民族之精神，如此善举该当提倡，所需资金在下愿意鼎力相助。历时多年，终于在原地上兴建起了工艺学堂图书馆，这也是中国近代史上较早的新式图书馆之一。
至此，湖州海岛教案终于尘埃落定。大涨了中国人的志气。
......
在这以前，国内还发生了一件大事：
苏浙沪自古就是我国经济最为发达的地区，地势平缓，气候温顺，物产丰盛，一些洋人早就虎视眈眈，看中这块风水宝地。在此修建铁路，外国列强早就垂涎多时了。
早在1898年，英使窦纳乐强迫清政府批准英方拥有苏杭甬铁路修筑权，当时任督办铁路大臣盛宣怀与英国银公司所委托的怡和洋行秘密签定了借款代筑苏杭甬铁路草约。浙江地处东南沿海，地势平缓，气候温顺，物产丰盛，一些洋人早就虎视眈眈，看中这块风水宝地。
1876年，英国怡和洋行在未经征得清政府同意的情况下，擅自修建了我国的第一条铁路————凇沪铁路，从此，拉开了帝国主义列强掠夺我国铁路修筑权的历史。
帝国主义在华掠夺路权主要通过两种形式，一种是直接投资修路，如俄国修的东清铁路（中东铁路），德国修的胶济铁路等，这些铁路纯然为列强所有，中国不得过问。一种是由清政府官方借款修路。这种铁路借款，条件非常苛刻：一笔借款，外方先打九折付给，年息五厘，酬银行费二毫五，以全路作押，总工程师要外方派，工程由外方承造，材料由外方采购，造好后，行车归外方管理，余利外方要得二成，帐目要由外方管或查。所以，这种形式，当时被称为：名为官办，实为官卖。
苏浙沪自古就是我国经济最为发达的地区，在此修建铁路，外国列强早就垂涎多时了。早在1898年，英使窦纳乐强迫清政府批准英方拥有苏杭甬铁路修筑权，当时任督办铁路大臣盛宣怀与英国银公司所委托的怡和洋行秘密签定了借款代筑苏杭甬铁路草约。但草约虽签，英方却一直没有动作，后来，草约过期，视同作废。
1905年，美商培次看到英方迟迟按兵不动，准备抢占这一商机，他以惊人的速度，通过美国驻杭领事，办妥了发给清政府杭州洋务局的照会，提出建造浙赣铁路的申请。
面对英美谋我路权的阴谋，激起了刘安江、汤寿潜等一大批有识之士的强烈愤慨。为抵制英国掠夺苏杭甬铁路主权和美国索要浙赣铁路主权，他们在上海召集160多有识之士于上海集议，他们在旅沪浙江籍商绅中轮番宣讲“自办浙路利国利民”的道理。拉开了驰名中外的著名的“护路运动”的序幕。