群臣议论纷纷，有的支持赵构接受退位的条件，有的大力斥责叛军。
当时天气寒冷，赵构坐在城楼的没有被褥竹椅上。他派人去请太后时，就楹立一侧而不就坐，百官请他上坐，他则表示“我已经不配坐这个座位了”。
不久，隆祐太后前来，她不愿登楼，希望直接出城安抚叛军，百官皆认为此举危险，担心叛军挟持太后，朱胜非独力排众议，说明叛军必不敢如此，反而可借此看出他们的企图。
于是太后乘轿出城，苗、刘下拜说：“百姓无辜，生灵涂炭，希望太后出来稳定局面。”
太后缓颊：“徽宗皇帝任用奸臣，随意更改祖宗法度，又妄图与金联合灭辽国，才造成了今日的局面，当今皇帝神圣孝明，只是被奸臣汪伯彦、黄潜善所贻误，现在两人也都被放逐了，你们难道不知道吗？”
苗傅说：“我们已经讨论好了，必须要官家退位，不可犹豫。”
太后说：“既然如此，那我和当今皇上一同执政。”
苗傅却坚持要废掉赵构，策立赵旉，太后表示就算是承平之时，以一妇人和幼子也难以执政，更何况当时正值与金国的战争。
苗傅和刘正彦等看到太后不答应，一个扮红脸一个扮白脸软硬兼施，先是说如果太后不从，他们要当场解衣就戮，后来又威胁三军可能生变，并要求在场的宰相朱胜非表达意见。
朱胜非无法回答，正好赵构派颜岐前来，奏太后说：“皇上已经同意了叛军的条件，请太后下诏。”
太后仍不愿意，苗傅等则更加猖狂，也一下子露出了泼辣相，他们胁迫太后赶紧决定，且言语更加不客气。
赵构知道事已无法挽回，只好同意禅让君位，朱胜非在一旁哭泣，说自己身为宰相应下楼大骂叛军，以死谢罪，赵构退却左右说：“且看事情如何发展，如果失败再死也不迟”。
于是赵构命令朱胜非向苗傅宣布让位的条件，一是要像对禅位的宋徽宗一样对待让位的赵构，供奉需丰厚；二是让位之后事情要听太后及即位的幼君处置；三是下诏完毕后他们就带着围着皇宫的部队回到营区；四是约束军士，不可抢掠纵火、骚扰百姓。
苗傅志得意满都没有考虑就答应下来，赵构随即下诏逊位，令兵部侍郎李邴起草诏书，表示：“自即位以来，强敌欺凌都是因为自己而来，不忍生灵涂炭，宣布退位，希望敌国能休兵和好。”
赵构派朱胜非下城宣读诏书，苗傅手下王钧甫对朱胜非说：“苗刘二人忠心有余而学问不足，不足为虑”。
宣诏完毕，叛军即退去，喧闹于市集并大叫“天下太平了！”杭州知州恐怕叛军乘势屠杀百姓，出城慰抚。
当天赵构就前往显忠寺。隔天太后垂帘听政，大赦天下，尊逊位的赵构为“睿圣仁孝皇帝”，并将显忠寺改名为睿圣宫，只保留宦官十五人，其余都编遣解散，苗傅等还派人前往探查，担心赵构多留内侍。
苗傅和刘正彦当政后，想要进一步的控制政权，于是想要改元及迁都金陵，太后和朱胜非担心若两件事都不答应会惹恼苗傅，只好答应改年号为明受，但是以金陵靠近江北难以防御金兵为由婉拒迁都。
朱胜非知道苗、刘见识短浅、不难对付，便周旋于叛军和太后之间，迷惑苗傅，使自己取得了单独面见太后的权利，又企图策反苗傅的手下王世修、王钧甫等。
苗傅掌权后不久，开始排除异己，先是贬宦官曾择、蓝圭到岭南，并派杀手在半路上追而斩杀曾择。又企图以所部士兵代替禁军守卫睿圣宫，甚至想邀赵构游览南方，都被朱胜非技巧性的阻止
几天后，驻防川陕的张浚突然接到大赦的命令，知道临安情势有变，并询问驻守吴江的张俊朝中出了什么事情。
驻防江宁的吕颐浩也得到消息，和部属讨论后确定临安为兵变，当即决定讨伐，一方面派遣使者回杭州安抚叛军，一方面写信通知川陕的张浚和刘光世政变消息。
张浚当即在川陕起兵，约刘光世和吕颐浩率兵到此会合，同时派冯轓到杭州劝苗、刘让赵构复位，迷惑叛军，也派遣从杭州逃出来的保义郎甄援到刘光世、还有镇江的呼延通军中宣传起兵的消息。
呼延通和刘光世也先后率兵至平江，听候张浚调遣。张浚得到部属要断吴江桥反叛的密报，派呼延通率部进至秀州阻止。
苗傅得到消息后，打算扣押呼延通的妻子为人质，朱胜非表示只要派这呼延通的妻子到平江安抚呼延通，事情就可解决，苗傅竟然答应了他的建议。
冯轓回到平江后，张浚再度派他到杭州和苗、刘等声明大义，苗傅曾听说张浚已经集结重兵，但不相信，这时才惊觉已经遭到讨伐，诏贬张浚为黄州团练副使、郴州安置，御史中丞郑瑴上书为张浚开脱，又遣人密报张浚放慢行军速度，使叛军自行垮台。
叛军派苗瑀和马柔吉率赤心军及王渊旧部驻扎临平抵挡勤王军，冯轓也入城内和苗傅商议，苗傅要拘留他，张浚得知后便伪造了一封书信给冯轓，内容是表述苗、刘忠于朝廷的，且故意被苗傅拦结下来，苗傅看了张浚给冯轓的信后，信以为真，便放了冯轓。
隔天，张浚得到了被贬的消息，随即和刘光世、张俊、呼延通联名传檄天下勤王，从平江大举出发声讨苗刘。
苗刘闻讯大为惊恐，被迫接受朱胜非和冯轓的提议，率百官奏请赵构复辟。这年四月，“太后下诏还政，皇帝复大位。”
赵构还宫后，诏尊太后为隆祐皇太后，恢复苗傅策立的幼君赵敷为太子，且故意任命苗傅为淮西制置使，刘正彦为淮西制置副使，将他们引出朝廷，隔天下诏恢复年号建炎。
苗、刘二人要求赵构赐予免死的铁券，准予免于追究他们政变的责任，赵构知道两人学识不丰，在铁券上写着“除大逆外，余皆不论”，苗刘不察，以为安全了。
当天，勤王军到达叛军驻扎的临平，呼延通率领率军力战，大破叛军苗翊与马柔吉，挺进北关。
张浚派呼延通为先锋攻击杭州，苗刘带着叛军奋力抵抗，不过此时城内突然冲出一支人马，为首正是一位双刀头陀，此人犹如猛虎下山一样冲了上来一下子就将叛军杀得死伤无数，他们猛地冲了上去打开了杭州的北城。
呼延通见过武松，当时也不再犹豫，二话不说带着人就冲进了杭州城内。
苗、刘一看事情已经不可为，他们二人率精锐两千人，拿着赵构所敕赐铁券逃出杭州，同时命令手下纵火阻挡追兵，但天降大雨，火不起。
勤王军刘光世、张浚、呼延通、张俊、吕颐浩等入城，赵构握住先锋呼延通的手痛哭，并请求他除掉私通叛军，看守宫门的吴湛。
呼延通随即上前，装作要和吴湛谈话，折其中指将他逮捕，诏斩于市。
赵构也下诏表示只追究苗傅、刘正彦、王钧甫、马柔吉、张逵等的责任，其他军官士兵皆不追究，于是赤心军背叛苗傅。
王钧甫想率军投降，戴罪立功；但其部下张翼等人斩了王钧甫、马柔吉投降。王世修则是接受审判后斩于市。
张浚和张俊，刘光世保护着赵构复辟，呼延通则率领着手下的大军，前去捉拿逃跑的苗傅和刘正彦。
苗傅、刘正彦两人率军逃亡，侵犯许多郡县。刘正彦在浦城乘胜追击官军时被呼延通擒获，苗翊为部下所擒来献，张逵率残兵败降遁入崇安，也被呼延通派军追而杀之。
苗傅则变更姓名，在逃亡建阳时被发现，押送至呼延通处。于是呼延通宣布班师，俘苗傅、刘正彦、苗翊三人以献，两人在建康被磔弃市。刘正彦在行刑时还大骂苗傅不用自己的计策，因而失败
赵构封赏平乱功臣。升吕颐浩为尚书右仆射；升李邴为尚书右丞；封张俊为节度使。七月，改任御前右军都统制。升刘光世为升为太尉、御营副使，所部即称御营副使军。后任江东宣抚使，守太平州、池州，移守江州。封呼延通为承宣使，御营后军都统制。
张浚则自请回川陕一带防守，不过赵构没有同意，升检校少保、定国军节度，后加封知枢密院事。
另外，赵构追赠王渊开府仪同三司，追康履“荣节”谥号。呼延通和韩世忠因在卑微时曾受王渊赏识，此时知恩图报安葬了王渊。
这次兵变，是南宋抗金斗争的一个转折点。兵变打击了主张和支持皇帝南逃的投降派势力。它表明妥协逃跑不得人心，标志着人民抗金力量的兴起。
兵变促使南宋政权进行政治整顿。赵构后来就着手整顿、制订一些必要的制度和措施。