岑彭带领的都是南阳的兵卒，本来刘秀考虑的是在本土作战，应当有相当的便利，但是他没有料到，南阳兵在南阳作战，反而放不开手脚厮杀，被邓奉堵在了堵乡，部军始终毫无进展。
公元28年四月，刘秀到达了叶县，遇到了董欣的小股部队，遂亲自下达了攻击的命令，岑彭奋勇出击、打退了敌军，刘秀驾临了堵乡的前线，还没有开打，邓奉军的军心便开始大乱了。邓奉只得不战而逃，一直退至了小长安，然后安营扎寨，他等着刘秀前来判决。
刘秀率军抵达了“小长安”。这本来是一个小镇，但是非常的繁华，因此有小长安之称。但这是刘秀的伤心之地，当年刘縯带着大军在此驻扎，遭到了甄阜、梁丘赐的偷袭，刘秀的婶婶、二哥、二姐、两个堂弟、三个侄女和数十名宗族，曾经死难于此地。如今又要在这伤心之地，进行自相残杀了。
刘秀下令出击，但毕竟力量过于悬殊，邓奉支撑不住，就让被俘的朱祜出营请降。
因为邓奉是邓禹的侄子，而且又是吴汉有错在先，因此刘秀打算赦免邓奉的，但是遭到了诸将的激烈的反对，其中最为激烈的是岑彭和耿弇。
他们认为：“邓奉叛逆忘恩，致使干戈再起，贾复负伤、朱祜被俘。而陛下亲征后，他还是不思悔改、坚持顽抗，直到现在穷途末路了，方才前来投降。这如果不杀他，怎么警戒以后的人呢？”
刘秀为了平定河北帮和南阳帮之间的矛盾，便只能下令杀了邓奉。
接着耿弇又分兵追击了窜入南阳郡的延岑，双方在穰县激战，耿弇斩首三千多，取得了大胜，延岑又窜入了南郡，投奔秦丰去了。
南阳郡的收复，刘秀南下的道路被打通了，刘秀命令岑彭、傅俊、臧宫继续前进，征讨南郡的秦丰。秦丰率军在邓县据守，使岑彭军被阻了几个月。刘秀下诏进行了责怪。要知道刘秀下诏责怪部下，这是极度少有的事情，但岑彭力主要斩邓奉，刘秀无可奈何杀了邓禹的侄子，是对岑彭有怨心了。
岑彭是一个非常聪明的人，他怎么会不知道刘秀的心思呢？他走绝路了。他在夜里向士兵们宣布，第二天一早去攻打山都县，却又故意放跑了俘虏，让俘虏给秦丰送去了情报。
秦丰果然信以为真了，他率领了主力向西转移，岑彭趁机强渡了汉江，在阿头山击败了秦丰军的一部。他又从人迹罕至的山谷中伐树开道，直袭了秦丰的老巢黎丘。
秦丰闻讯大惊，急忙率军回救，但岑彭埋伏在了秦丰的中途，等秦丰军一赶到，伏兵一齐冲杀了出来，当时杀声震天，秦丰军即刻死伤过半，他连夜逃入了黎丘城，死死坚守不再出城。
附近夷陵的军阀田戎慑于汉军军威，他准备投降了，虽然他的大舅子辛臣极力劝他静观其变，但他还是亲往归降，但他的大舅子辛臣却抄近路降了岑彭，又写信刺激了田戎，田戎吓得又半路返回了夷陵。
岑彭亡命地穿越进了敌后，他虽然把大量的敌军留在了身后，但他的后方补给却无以相继。因此刘秀命令朱祜、登遵向岑彭靠拢，一面扫清余敌，但在这些余敌中，他们发现了延岑。
原来延岑投了秦丰后，秦丰非常看好他，还把女儿嫁给了他，让他驻守在邓县附近的东阳县。朱祜、登遵又攻下了邓县、东阳，延岑便只得退回到黎丘了。
不多久，涿郡的太守张丰，他迷信术士的话，那个术士说张丰当为天子，还用五彩布囊裹了一块石头，挂在了他的手肘上，说石头里有玉玺，张丰果然信之不疑了，便自称“无上大将军”。
在庐江的李宪，他拥有九座城池，他也自称为天子了。他并且自行设置了百官，他的部众达到了十多万人。
刘秀在洛阳，同时对东方和南方开战。尤其是出现了邓奉事件以后，他在关东和山东的战场上来回的巡视，当然一方面是为了督战，而另一方面则是为了调和众将领之间的和谐。
那个延岑，见他的岳父秦丰的人马都已经打光了，势力也完全丧失了，便又脱离了他。他穿过了汉军的空隙，悄悄地又北上了，重新又进入了南阳郡。邓禹奉命率领着邓晔和于匡两位副将，前去南阳郡截击延岑。这可是仇人相见分外眼红，两军在邓县相遇。进行了激烈的对战，邓禹指挥着部众，奋力地击退了延岑，一直追击到了武当山，延岑大败，只率领着一小股部队又窜入汉中去了。
刘秀每次出征，都带着了他的蝉儿。当然，这不是为了什么，只是为了保护她。因此，蝉儿的第一个孩子，也就诞生在了行军途中了。刘秀高兴地举起了孩子，给他取名“刘阳”，刘秀认为他的阳光就在前头了。
此时吴汉又移兵了东郡，他追剿着五校农民军，这次他谨慎了，他进行了调查，发现了这五校农民军叛乱的原因是县令横征暴敛，引起了百姓的不满，于是在五家大户的带领下，开始了反叛。
吴汉便下令郡守逮捕了这个县令，并将他明正了典刑。这五校农民军便不战自降了。
张步的崛起，其实同泰山郡的豪强是分不开的，那让谁去安定泰山郡呢？刘秀征求了众将的意见。
吴汉说：“安定泰山郡，非陈俊莫属。”于是，刘秀任命了陈俊为泰山郡守，陈俊率军出征，扫清了张步的残余势力，遂平定了泰山郡。刘秀又风尘仆仆地赶到了睢县，他督促王蒴、马武围攻垂惠城，因为刘永的儿子刘纡被残兵拥立为了梁王，目前正在垂惠城。
苏茂率数万人前来解围，他首先袭击了马武的粮草屯集地，城中的周建趁机出击，马武腹背受敌，被打得大败，他率军且战且退着。
马武率军退过了王霸的军营，王霸不仅不出营相救，反而高声地喊道：“敌军锋芒正盛，我出战必败，你先努力顶住吧？”
马武见失去了后援，便奋力地抵敌着苏茂与周建的军队。看着马武的孤军奋战，部将们都劝王霸率军出击救援，但王霸却说：“苏茂、周建人多势众，我与马将军号令不一，出击便必败无疑，不如固守以示弱，使敌军轻兵冒进，马将军拼死抗战，当然以一当百，等苏茂军兵疲将乏，我们再出兵攻其腹背，那时必然取胜。”
苏茂、周建全力攻击马武，但始终没能击溃马武军。因此士气渐渐地怠惰了。而王霸的部队，求战的欲望却越来越高了，很多士兵脱去了上衣，很多的士兵用刀割下了自己的头发，都强烈要求出战。王霸见战机已经成熟，便率兵向苏茂军背后攻击，苏茂军大败而归，马武和王霸也都各自回了营寨。
第二天，苏茂收拾了余兵，又前来王霸营中挑战，但王霸不予理睬，反而在中军与部将们饮酒作乐，苏茂命弓箭手向营中射箭，乱箭甚至射中了王霸面前的河樽。但王霸仍然面不改色、不动如山。王霸的手下部将，实在忍辱不住一至要求出战，但王霸却说：“苏茂军远道而来粮道未通，所以急于速战速决，我们闭营休战，正所谓不战而屈人兵，此善之善也！”不一月，周建的侄子临阵倒戈、举城投降，刘纡、苏茂、周建狼狈地逃往了下邳，去投了董宪。
以王霸和马武的这种状况，如果不是刘秀亲自在后面督战，这自己家的矛盾冲突，便又难免会发生的了。因此，在这十多年的当中，刘秀是最最累的一个人，他经常睡至半夜，便又被叫醒了，便又立刻起身，前去抚平对立的部下，或者应对突变的战局了。
刘秀又督促马武、刘隆率军进入了又一个的战场，去将已经称帝的李宪，团团地包围了起来。但是舒县是庐江的首府，城高池深，马武也只能深沟高垒，围而无法攻打，双方相峙了有一年多，李宪终于箭尽粮绝，试图突围而陷入了马武的重围，在乱兵中被杀。
随即，董宪一部也全部被扫平了。