在城内发生大火的第一时间，睡在总兵府上的巢丕昌就被属下叫醒了。接着，他得知西门被破，南门和北门也受到了猛烈地攻击后，就开始考虑自己的后路了。
说实话，他没想到自己这么快就要跑路了。尤其是在收到都统谭泰对他下达的命令后，巢丕昌整个人都不好了。
“让本将守住昌平城，他自己却带着人马跑了。那谭泰倒是打的一副好如意算盘。难道你以为本将是傻子吗？昌平城四处城门已经破了一处，城池失守是早晚的事，让本将守住昌平，不是让本将带着人去送死吗？”
“军门，那鞑子实在是该死。自己带人跑了，却还下令让我们留下来独自守城。现在敌军已经攻进城内了，南门和北门的兄弟也只是苦苦支持，还请军门您早早拿主意。不然，我们这些兄弟可能都要折损在此。”巢丕昌的副将在一旁急切道。
“你传令下去，让弟兄们再坚守一段时间，等那些鞑子跑远了，咱们再从东门撤退。要是现在就跑，到时候见到那位郡王殿下，只怕是也难以将此事圆过去。这样，告诉弟兄们，最多再守一个时辰，咱们就撤出昌平。”巢丕昌没有丝毫犹豫便下达了命令。
副将骑上快马，跑去南门和北门传令了。
而昌平城内，西门已经被攻破，按照朱慈烺的命令，明军并没有追上去杀鞑子。拿下鞑子的大营后，朱慈烺便进了城。这个时候，他要求进城，也没人再拦着他了。
“曹公公，各位将军，大家都辛苦了！这一仗，你们打得漂亮。等回到京城，本宫一定会亲自向父皇给你们请功！”
“殿下谬赞，都是殿下您运筹帷幄，咱家和诸位将军不过是按部就班罢了！”曹化淳满脸笑意道。
“对，这都是殿下您运筹帷幄，我等只是遵令行事！不敢贪功！”众将便接着应和道。
“好了，有功就是有功，我们就暂时不要在这件事上多费口舌了。现在鞑子已经撤出了昌平，但城内还有不少巢丕昌的叛军没有来得及撤走。这些叛军，本宫的意思是贼首巢丕昌必须生擒。其余叛军骨干将领，一个不留，全部斩杀。普通士卒，若是愿意放下兵器投降的，可免于一死。”
朱慈烺很不客气的给巢丕昌这股叛军宣判了生死令。
“殿下，以咱家之意，那些叛军应当人人得而诛之。贼首和其中几个贼将，可生擒带回京城，交付三司审判过后再行处置。”
曹化淳想把那些叛军士卒全部杀掉，以除后患。当然，他的提议也不是没有道理，很合情理。但朱慈烺并不是嗜杀之人，那些叛军的人数不少。若是全杀掉，造成过多的杀戮，自己这心里那关过不去。
“曹公公，你说的虽有道理，但本宫还是以为尽量不要赶尽杀绝。不然，那些叛军会铁了心与我军死战。虽然本宫相信勇卫营的将士能将其击败，但为了避免增加过多伤亡，那些要是能投降的叛军，尽量还是不要取了他们的性命。”
“殿下英明！”张世泽等人齐口高呼。
曹化淳见状，也不再说什么了。他细想一番后，觉得太子殿下说的也很对，勇卫营要是损失过大，对自己也没有什么好处。
当鞑子撤出昌平城后不久，朱慈烺便下令让特种大队拿下了东门。由于巢丕昌的大部人马都分散到南门和北门去防御和在城中与勇卫营厮杀，防守东门的叛军人数并不是很多。特种大队没有花太大的代价便攻占了东门。
当东门落入明军手中后，在总兵府的巢丕昌整个人就像是掉进了冰窟窿一样，全身冰寒无比。
“完了，全完了！”巢丕昌满脸颓然，内心一片哀意。
这时，他的副将冲进总兵府道：“军门，东门已经被敌军拿下了。我们快想办法逃吧！”
“晚了，一切都晚了！现在我们还能往何处逃？昌平城已经被敌军团团围住，俩处城门被破，城中的敌军已经渐渐逼近总兵府衙门，我们逃不了了！”
“军门，我们还有几千兄弟，让末将带着这几千兄弟一起护您冲出去！”副将急切道。
就在这个时候，一个雪上加霜的消息又传了来。
“禀报军门，南门失守，镇守南门的士卒死伤过半。不少人投降了敌军！”
顿时，巢丕昌瘫坐在地。一行清泪，止不住地往下掉。
“我巢丕昌糊涂啊！”南门的守军之所以在这个时候被拿下，最大的功劳在于太子朱慈烺。朱慈烺带着锦衣卫和东厂的人，还有不少勇卫营将士，一起到南门对把守在南门的叛军将士开展劝降工作。
一开始，劝降工作进展的很不顺利，朱慈烺差点就被叛军的一名千总给射中了。这一幕，可把护卫在他身边的厂卫和勇卫营将士吓坏了。
下一秒，那位执迷不悟的千总，叛军武官，被一炮给轰碎了。对，就是一炮轰碎的。勇卫营虽然不是神机营，但作为京营当中目前最精锐的一营，火器一直都有配置。
一炮把千总轰碎后，朱慈烺再继续开展劝降工作，这下，没了主将的叛军将士，没有做太多的犹豫，直接选择了放下兵器，乖乖投降。
南门就这样，在朱慈烺的英明神武下，没用多长时间便拿下了。而北门的叛军就惨了，来攻打此处城门的人是特种大队的人。特种大队这次算是成立后的首战，自然每人都想斩获军功。尤其是在黄得功的侦察队立下首功后，汪万年等人早就迫不及待地想在太子殿下面前展示展示他们的风采了。
火器队的领队就是原神机营副将汪万年。火器队的人虽然不多，但朱慈烺给他们配备了足足有六门佛郎机大炮，人手一支火铳。一到北门，汪万年便立即下令让火器队的人摆好大炮，对准了南门的城门楼子，二话不说，直接来了一发急速射。
南门城楼上的叛军当场就被轰蒙了，一时间，特种大队的其余分队也开始发威。弓弩队，摆好阵型，用弓弩不断地压制城楼上的叛军。长枪队和大刀队在杨守业和张世泽的率领下，宛如猛虎一般，冲上城楼，开始了惨无人道的杀戮。
当然，几名将领还是没有忘了事前太子殿下的吩咐，若是有人选择投降的，便可以不取其性命。但这件事直到他们将城楼上的人杀得还剩不到数十人后才想起，所以，最后被迫投降的叛军，除了缺胳膊少腿的，只有六七十人还比较健全，呼吸也正常。